徳川幕府が崩壊し、明治新政府になってから、玉川上水の所管が次々と変更になったことにより、敷地所有権がはっきりしなくなってしまった。

特に、史跡指定にあたって、所有権が確定していないことが、大きな問題となった。

☆　経緯

・慶応４年　明治維新（玉川上水の管理権は明治政府に移行）

・明治元年　水道事業を東京府に移管

・明治22年　東京市発足、水道事業を東京市に移管（市有財産目録に玉川上水敷を登載）

・大正４年　市有財産目録から玉川上水敷地の記載消滅(理由不)

・昭和13年　国有財産台帳に｢脱落地｣として登載

・昭和18年　東京都発足（都に水道事業引継）

・昭和35年　会計検査院の指摘(国有財産としての適正な管理を求める）

・昭和53年　都首脳部会議で史跡指定を受けることを決定

・平成14年　水道局が｢所有権確認請求調停事件｣を起こす。同年和解(所有権、水道局に確定する）

・平成15年　史跡指定なる。